Nuo 2006 metų Prienų „Rūdupis“. 2012 metų rudenį susigrąžino „Prienų“ vardą.

NKL čempionai 2009 metais
LKAL trečiosios vietos laimėtojai 2003 metais
LKL trečiosios vietos laimėtojas 2011, 2012 metais

2002-2003: 2 vieta LKAL čempionate (24-12), serijoje dėl trečios vietos 0-1 pralaiminėjo Klaipėdos Naftai-Uni-Laivitei, tačiau varžovai neatvyko į Prienus ir Prienai iškovojo trečiąją vietą.
2003-2004: 6 vieta LKAL čempionate (19-15), ketvirtfinalyje 1-3 nusileido Jonavos Sporto klubui.
2004-2005: 12 vieta LKAL čempionate (22-30).
2005-2006: 4 vieta NKL čempionate, 0-2 pralaimėta Anykščių Puntukui Jarimpeksui.
2006-2007: NKL septinta vieta B pogrupyje (19-25)
2007-2008: 5 vieta NKL reg. sezone (21-11), aštuntfinalyje 1-3 nusileista Šilutės Šilutei.
2009-2009: 1 vieta NKL čempionate, pateko į LKL
2009-2010: 7 vieta LKL čempionate (11-13), ketvirtfinalyje 0-2 nusileido Kauno Žalgiriui
2010-2011: 3 vieta LKL čempionate, mažajame finale 3-0 įveikta Utenos Juventus
2011-2012: 3 vieta LKL čempionate, mažajame finale 3-1 įveikti Šiauliai
2012-2013: 3 vieta LKL čempionate (16-4), kovoje dėl bronzos 2-3 pralaimėta Klaipėdos Neptūnui
2013-2014: 2 vieta LKL čempionate (25-9), kovoje dėl bronzos 0-3 pralaimėta Vilniaus Lietuvos rytui
2014-2015: 9 vieta LKL čempionate (7-33)
2015-2016: 4 vieta LKL čempionate (19-17), ketvirtfinalyje 2-3 nusileido Utenos Juventus
2016-2017: 6 vieta LKL čempionate (18-18), ketvirtfinalyje 0-3 nusileido Panevėžio Lietkabeliui
2017-2018: 10 vieta LKL čempionate (8-28)
2018-2019: 7 vieta LKL čempionate (13-23), ketvirtfinalyje 1-2 nusileido Klaipėdos Neptūnui
2019-2020: 6 vieta LKL čempionate (11-13)